Το στέλεχος Όμικρον του SARS-CoV-2 φαίνεται ότι απέκτησε τουλάχιστον μία από τις μεταλλάξεις του μέσω της ανταλλαγής γενετικού υλικού με έναν ιό που προκαλεί κοινό κρυολόγημα. Η ανταλλαγή γενετικού υλικού ανάμεσα σε δύο ιούς αποτελεί συχνό φαινόμενο και συμβαίνει όταν δύο ιοί μολύνουν το ίδιο κύτταρο.
Η γενετική αλληλουχία που ανιχνεύθηκε στο στέλεχος Όμικρον δεν υπάρχει σε κανένα προηγούμενο στέλεχος του SARS-CoV-2, ωστόσο βρίσκεται σε αρκετούς άλλους ιούς, μεταξύ των οποίων και αρκετοί που προκαλούν κοινό κρυολόγημα, ενώ έχει ανιχνευθεί και στο ανθρώπινο γονιδίωμα.
Εισάγοντας αυτή την αλληλουχία στο γονιδίωμά του, το στέλεχος Όμικρον μοιάζει περισσότερο «ανθρώπινο», γεγονός που του επιτρέπει ίσως να αποφύγει ευκολότερα την εξουδετέρωση από τα κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος.
Αυτό σημαίνει ότι ο ιός μεταδίδεται ευκολότερα, ενώ τα συμπτώματα που προκαλεί είναι ηπιότερα. Ακόμα δεν γνωρίζουμε με βεβαιότητα ότι το στέλεχος Όμικρον είναι περισσότερο μολυσματικό σε σχέση με τα υπόλοιπα στελέχη του SARS-CoV-2, αν προκαλεί σοβαρότερη νόσηση ή αν θα εκτοπίσει το στέλεχος Δέλτα. Θα χρειαστούν πιθανώς μερικές εβδομάδες μέχρι να μπορούμε να απαντήσουμε στα παραπάνω ερωτήματα.
Τα κύτταρα των πνευμόνων και του γαστρεντερικού συστήματος μπορούν να μολυνθούν ταυτόχρονα από τον SARS-CoV-2 και ιούς του κοινού κρυολογήματος, όπως έδειξαν δεδομένα προηγουμένων ερευνών. Το παραπάνω γεγονός δημιουργεί περιβάλλον για ανταλλαγή γενετικού υλικού ανάμεσα στους δύο ιούς. Ως αποτέλεσμα, παράγονται νέοι ιοί με τμήματα γενετικού υλικού τόσο από τον SARS-CoV-2 οσο και τον άλλο ιό.
Σύμφωνα με τις παρατηρήσεις μίας νέας μελέτης η οποία δεν έχει περάσει ακόμα από peer-review, το στέλεχος Όμικρον εμφανίστηκε πιθανώς με τον παραπάνω μηχανισμό. Πρακτικά ο SARS-CoV-2 προσέθεσε στο γονιδίωμά του ένα τμήμα από τον ιό του κοινού κρυολογήματος.
Η γενετική αλληλουχία του στελέχους Όμικρον έχει ανιχνευθεί στο παρελθόν στον ιό HCoV-229E, ένα κορονοϊό που προκαλεί συμπτώματα κοινού κρυολογήματος στον άνθρωπο, αλλά και στον ιό HIV.
Η Νότια Αφρική, στην οποία παρατηρήθηκαν τα πρώτα περιστατικά του στελέχους Όμικρον, έχει τα υψηλότερα ποσοστά HIV παγκοσμίως. Ο τελευταίος ιός εξασθενεί το ανοσοποιητικό σύστημα, αυξάνοντας έτσι την ευαισθησία του ασθενούς σε λοιμώξεις τόσο από τους ιούς του κοινού κρυολογήματος, όσο και από άλλα παθογόνα. Κατά συνέπεια, στη Νότια Αφρική υπάρχουν αρκετοί ασθενείς που μπορεί να νόσησαν από τον SARS-CoV-2 και κάποιο άλλο παθογόνο ταυτόχρονα για μεγάλη διάρκεια.
Είναι σίγουρο ότι χρειάζεται να γίνουν αρκετές μελέτες για να επιβεβαιωθεί η προέλευση του στελέχους Όμικρον καθώς και το αίτιο των μεταλλάξεων του συγκεκριμένου στελέχους. Μία θεωρία υποστηρίζει ότι ο SARS-CoV-2 μεταπήδησε σε κάποιο ζώο και παρουσίασε εκεί μεταλλάξεις, ωστόσο αυτό ακόμα δεν έχει επιβεβαιωθεί.
Σε κάθε περίπτωση η εμφάνιση του νέου αυτού στελέχους υπογραμμίζει για άλλη μία φορά τη σημαντικότητα του εμβολιασμού. Ένας από τους λόγους που εξηγούν γιατί τα περισσότερα νέα στελέχη του SARS-CoV-2 εμφανίζονται στην Αφρική είναι τα χαμηλά ποσοστά εμβολιασμού σε αυτή την ήπειρο, τα οποία επιτρέπουν στον ιό να κυκλοφορήσει και να μεταλλαχθεί.